La sous-série JJ a été constituée entre 1852 et 1854. Le noyau en a été formé par les registres placés avant 1850 en tête de la série J et conservés dans des cartons cotés J//1 à J//147. Depuis leur transfert en JJ, ces cotes de la série J sont vacantes.
Le numérotage actuel des registres du Trésor des chartes a pour base celui qui fut fixé vers 1380 par Gérard de Montaigu dans la dernière rédaction de son répertoire des libri utiles (JJ//1/15). Ce numérotage, qui allait alors de I (aujourd’hui JJ//1/1) à CXV (aujourd’hui JJ//115), fut continué pour les registres versés postérieurement.
Mais, lorsque la sous-série JJ fut constituée entre 1852 et 1854, on y fit entrer quantité de registres qui n’ont jamais appartenu à cette série primordiale : les uns avaient été placés par Gérard de Montaigu lui-même dans la catégorie des libri inutiles (JJ//42B, JJ//79B, JJ//267 à JJ//270, JJ//288, JJ//NN et JJ//OO), d’autres ont été retirés des cartons de J (JJ//20, 24/B à 24/D, 274 et 304 à 320) et même des séries P (JJ//30/B), Q/1 (JJ//24/A2) et X (JJ//54/B).
Mais le plus grand nombre des registres additionnnels sont des inventaires (s’échelonnnant du XIIIe au XVIIIe s.) et aussi des copies de registres représentées ou non dans la série (JJ//1/2/A à JJ//1/28, JJ//9/A, JJ//9/B, JJ//27/A à JJ//27/C, JJ//271 à JJ//273, JJ//275 à JJ//303, JJ//534 à JJ//588/4 et JJ//A à JJ//K). Ce dernier groupe à été encore plus important à l’origine puisqu’il comprenait en outre de nombreux volumes contenant les résultats des travaux qu’avaient effectués depuis 1703 jusqu’à la Révolution les commissaires aux registres du Trésor des chartes institués sur la proposition du chancelier d’Aguesseau. À la suite de l’échange de 1862, presque tous ces volumes (à l’exception de JJ//27/C, JJ//272 et JJ//273) ont été transférés à la Bibliothèque nationale qui, de son côté, a remis aux Archives nationales les anciens inventaires maintenant cotés JJ//1/2/B à J//1/27. Signalons en outre que les registres JJ//27/A, JJ//27/B, JJ//275, JJ//276 et peut-être aussi JJ//277 ont été rédigés dans le cadre des travaux entrepris après l’incendie de la Chambre des comptes en 1737 (voir la série K, titre II, et la série P).
Comme le numérotage primitif de Gérard de Montaigu s’est parfois trouvé quelque peu étouffé sous la masse des additions et a été en outre victime de quelques erreurs et confusions causées par les vicissitudes subies par certains registres, on a jugé utile d’indiquer pour certains articles les numéros correspondants du répertoire de Montaigu.
En résumé, les volumes de la série JJ se répartissent aujourd’hui dans les catégories suivantes :
